各縣（市）政府設有「身心障礙者權益保障推動小組」專門受理申訴，若縣（市）政府未有回應或協調不成，則可以進一步再向衛生福利部的身心障礙者權益保障推動小組進行申訴，若是未先向縣（市）政府提出申訴，直接向衛生福利部提出，很有可能會再轉回縣（市）政府處理，為避免時間冗長，建議先向各縣（市）政府優先提出申訴。同時也要留意，申請人就小組所為之協調結果不可以同一原因、事實再申請協調。申請人於縣（市）政府進行協調前，可以用書面撤回協調申請，但是撤回後，不可以同一原因、事實再申請協調。
除各縣（市）政府及衛生福利部皆設有身心障礙者權益保障推動小組，國家人權委員會也有設置陳情及申訴的管道，當遇到歧視要提出申訴時，可以選擇要向縣（市）政府提出申訴，或是向國家人權委員會提出，兩個申訴管道雖然是各自獨立的，但有時候政府會需要調查事件的發生經過，還是會將申訴案件轉給比較就近的縣（市）政府協助調查，在轉案的過程中也會導致申訴的時間延長，需要特別留意。
雖然身心障礙者權益（保障）推動小組能夠辦理歧視案件的申訴，但小組的委員是扮演協調者的角色，所提的意見或是要求，對政府機關或民眾沒有強制力，若有其他權益受損，如名譽權、身體權遭侵害，建議可以依相關法律規定直接向法院提起相關的訴訟，保障自己的權益。
一、各縣（市）政府身心障礙者權益保障推動小組申訴
身心障礙者於各縣（市）發生權益受損爭議事件時，可以向各縣（市）政府申請協調，協調申請書應載明下列事項，申請人的基本資料、申請事實及理由，還有申請的時間等。
申請人可以由法定代理人或委任相關人員代理或陪同申請，如果代理人是受申請人委任，就必須要另外檢附委任書及申請人的國民身分證影本。
案例改寫
瑋瑋是視覺障礙者，他平時都會帶導盲犬出門。某天他要去○○店家用餐時，卻遭到店家以「寵物不得入內」的理由，拒絕瑋瑋跟導盲犬入內用餐。瑋瑋解釋導盲犬是法律規範的工作犬，同時在《身心障礙者權益保障法》第60條規定營業場所不得拒絕導盲犬進出，但店家仍然拒絕。瑋瑋因此填寫協調申請書，並向○○店家所在地的市政府身心障礙者權益保障推動小組提出申訴。市政府接獲申訴後，確定瑋瑋遇到○○店家歧視無誤，便要求○○店家限期改善，市政府也持續加強宣導大眾認識導盲犬，避免被拒絕進入的案例再發生。
二、衛生福利部身心障礙者權益保障推動小組
身心障礙者對於權益受損事項，經向爭議事件所在地之直轄市、縣（市）主管機關申請權益受損協調（以下簡稱協調案件）後，不服其協調結果者，得於接獲協調結果之翌日起30日內填具協調申請書，並檢附直轄市、縣（ 市）主管機關協調相關文件向衛生福利部申請協調，逾期不予受理。
要特別注意的是，若未於縣（ 市）政府先進行申訴，直接向衛生福利部提出申訴案件，會因為不符程序被退回。因此，建議在向衛生福利部提出申訴之前，先確認是否已經向縣（ 市）政府提出申訴並已有申訴結果，且對於申訴結果不服再向衛生福利部提出申訴，由衛生福利部身心障礙者權益保障推動小組受理案件。
三、行政院身心障礙者權益推動小組
不論是在各縣（市）政府或是衛生福利部身心障礙者權益保障推動小組，皆僅處理個案的申訴案件，如果對於現有法規、政策或制度涉及違反CRPD之通案性事項，可以向行政院身心障礙者權益推動小組提出申訴，申請人可以是個人也可以是代理人，需要注意該管道的申訴代理人不限於個人，機構或團體同樣可以是申訴代理人。
若要向行政院身心障礙者權益推動小組提出申訴，可以在網路上查詢衛生福利部社會及家庭署的「CRPD身心障礙者權利公約資訊網」網站，點選「行政院身權推動小組」的資訊，可以找到相關申訴的作業規則以及申訴書的格式。需要留意完成申訴書填寫後，需要透過郵寄方式寄出，才能完成申訴的程序。申訴書郵寄地址：100009臺北市中正區忠孝東路1段1號，行政院身心障礙者權益推動小組收。
四、國家人權委員會
只要有涉及歧視、違反致侵害人權之個案及通案性案件，不論是本國國民、立案機構、團體、法人或在臺外國人，都可以進行申訴。申訴人如果透過代理人提出申訴，需要另外出具委託書。
申訴案件在事實發生已經超過一年後，國家人權委員會就不會受理申訴，所以要留意當發生權益受侵害或是有遇到歧視的狀況時，能愈早提出申訴愈好，避免超過時間限制導致相關政府單位不受理。
如果要向國家人權委員會提出申訴，可以直接將申訴書紙本寄到國家人權委員會（地址：110216臺北市忠孝東路1段2號），或可以親自到監察院1 樓的「申訴受理中心」申訴，會有專人受理申訴，但是需要注意受理時間為每週一至週五，上午8點30分至12點30分以及下午1點30分至5點30分。
若無法透過以上的方式提出申訴，也可以透過網路搜尋「監察院的陳情信箱系統」，須註明「國家人權委員會收」並以網路方式陳情，或是可以直接用電子郵件方式申訴，可以將申訴書的資料寄至：nhrc@cy.gov.tw
- 相關資源：點選參閱【國家人權委員會「陳情申訴」】
當遇到涉及歧視的案件時，建議先釐清遭遇的事件是屬於個案性質還是通案性質，再決定申訴的政府單位，以利申訴程序能夠順利進行。舉例而言，比如肢體障礙者乘坐電動輪椅，在進入遊客中心時遇到路阻障礙，導致無法順利進出，此時即為個案處理，可以向遊客中心所在地的縣（市）政府身心障礙者權益保障推動小組提出申訴，如果申訴沒有結果可以再向衛生福利部身心障礙者權益保障推動小組提出申訴。
如果是遇到制度上的問題，如國家考試簡章中載明體格限制，且該體格限制與工作屬性、業務內容並無關聯性，此時因為所有報考的身心障礙者都會因限制而影響考試權益，即為通案性的問題，可以向行政院身心障礙者權益推動小組針對考試簡章的限制提出申訴。
